Van het totale belastingvoordeel van ongeveer €2,9 miljard gaat naar schatting 95% naar slechts tien grote bedrijven. Het ministerie van Financiën onderzoekt daarom hoe kleinere bedrijven meer van de regeling kunnen profiteren.
De innovatiebox is bedoeld om onderzoek, ontwikkeling en innovatie in Nederland te stimuleren. Hoewel ongeveer 80% van de gebruikers mkb-bedrijven zijn, ontvangen zij slechts een klein deel van het totale fiscale voordeel. Grote ondernemingen met winstgevende patenten, software of andere intellectuele eigendomsrechten profiteren verreweg het meest van de regeling.